Bahnunterführungen, die nicht gut entwässert werden, können besonders bei Starkregen durch ihre tiefergelegende Ebene zu Überflutungshotspots werden. Um das Risiko einer Überflutung zu mindern, gibt es einige Maßnahmen, die unterirdisch sowie oberirdisch getroffen werden können. Oberirdisch kommt es auf eine geschickte Abflusslenkung des Regenwassers an. Beispielsweise werden die Eingänge der Unterführungen bauseits höher gegenüber Regenabflüsse von danebenliegenden Straßen gelegt. Auch werden Versickerungsmöglichkeiten häufig genutzt, um die Kanalisation zu entlasten. Bei Starkregen kann auch durch gut genutzter oberirdischer Abflusslenkung, Wasser in die Unterführung laufen. Daher ist es naheliegend, diese Ebene zusätzlich mit Entwässerungstechniken z. B. Entwässerungsrinnen auszustatten.